Военная контрразведка - это функция органов национальной безопасности, осуществляемая в пределах их полномочий, направленная на выявление, предотвращение и пресечение разведывательной деятельности в отношении Вооруженных сил и других военных структур Республики Армения со стороны специальных служб и иных организаций иностранных государств, а также отдельных лиц. Военная контрразведка является одним из основных направлений деятельности органов национальной безопасности. Согласно Закону РА “Об органах национальной безопасности”: “ Военная контрразведывательная деятельность осуществляется органом военной контрразведки уполномоченного органа (службами, отделами, отделениями) в Вооруженных Силах Республики Армения, войсках полиции, иных войсках и воинских формированиях Республики Армения, а также в их органах управления с целью выявления, предотвращения и пресечения преступлений, защиты от проникновения специальных служб иностранных государств, а также содействия командованию при поддержании боеспособности и боевой готовности”.
Органы ВКР СНБ РА в своей деятельности руководствуются Конституцией РА, Законами РА “Об органах национальной безопасности”, “Об оперативно-разыскной деятельности”, “О государственной тайне” и другими законами, а также правовыми актами СНБ РА и Уставом военной контрразведки.
Органы военной контрразведки в сложной геополитической и региональной ситуации, сложившейся вокруг РА, успешно выполняют свои функции, выявляя агентов и шпионов иностранных специальных служб на отведенных им участках, предотвращая и пресекая многочисленные случаи подрывной разведывательной деятельности иностранных специальных служб, организаций и отдельных лиц против Республики Армения и ее Вооруженных сил.
Подразделения военной контрразведки также контролируют процесс защиты государственной тайны в Вооруженных силах РА, выявляя и предотвращая возможные каналы утечки секретов.
Военная контрразведка, как отдельный орган СНБ, осуществляет свою деятельность с 1995 года, и с этого времени она вовлечена в процесс раскрытия явлений, препятствующих боеспособности и боевой готовности системы ВС РА и содействия командованию, раскрыв за это время многочисленные случаи, угрожающие национальной безопасности РА.