По завершении учебы в Академии ФСБ РФ и Курганском пограничном институте выпускники получают квалификацию юриста, а в Калининградском пограничном институте и Академии ФСО (г. Орел) - квалификацию инженера, после чего зачисляются на военную службу в различные подразделения СНБ РА и пограничные войска, с присвоением воинского звания - лейтенант.
Продолжительность обучения - 5 лет. В течение этого времени слушателям и курсантам предоставляется общежитие, расположенное на территории вузов, бесплатное питание и стипендии.
В случае отчисления или прерывания обучения в соответствующем военно-учебном заведении РФ без уважительной причины, или увольнения после службы в СНБ РА менее 5-ти лет военнослужащий, завершивший обучение в военно-учебном заведении РФ, согласно статье 45 Закона РА от 2003 года “О службе в органах национальной безопасности”, другим законам и правовым актам, обязуется компенсировать расходы, связанные с его обучением.